Z przyjemnością informujemy, że po długiej pandemicznej przerwie, nasz zespół WP1 wziął udział w międzynarodowej konferencji BIOSCAN NOReDNA, która odbyła się w dniach 9-11.10.2022 w Trondheim (Norwegia). Podczas spotkania zprezentowano dwa postery.
Poster 1
Osoba: Baranowska M (prezenterka)/ Baranowska M, Krawczyk D, Janik-Superson K, Królikowska K, Seweryn M, Lach J, Tończyk G, Desiderato A, Taugbøl A, Strapagiel D, Bącela-Spychalska K.
Tytuł posteru: Ocena bioróżnorodności w 20 norweskich stawach w kontekście urbanizacji
Abstrakt:
Według Living Planet Report, około 60% populacji gatunków zwierząt zmniejszyło się w wyniku działalności człowieka w ciągu ostatnich czterech dekad. Urbanizacja powoduje utratę naturalnych siedlisk i otwiera furtkę dla gatunków inwazyjnych. Stawy to siedliska słodkowodne występujące zarówno w krajobrazie miejskim, jak i pozamiejskim, często uznawane za ostoje bioróżnorodności wielu rzadkich i zagrożonych gatunków. Ponieważ stawy zazwyczaj nie są systematycznie monitorowane, wiedza na temat ogólnej różnorodności biologicznej stawów nadal pozostaje niewielka. Tutaj przedstawimy wyniki różnorodności 20 norweskich stawów (w tym bakterii, grzybów i bezkręgowców) w oparciu o eDNA i ocenimy wpływ urbanizacji w Oslo i Trondheim. Próbki wody pobrano i przefiltrowano ze stawów miejskich i wiejskich w Oslo i Trondheim. Biblioteki DNA zostały przygotowane przy użyciu amplifikacji PCR różnych regionów w zależności od identyfikacji organizmu (16S rRNA dla bakterii, LSU rRNA dla grzybów, COI dla bezkręgowców). Sekwencjonowanie przeprowadzono na platformie Illumina MiSeq, uzyskując sekwencje o długości 2 x 250 bp. Stawy zostały opisane jako miejskie lub wiejskie na podstawie odległości od metropolii i poziomu modyfikacji przez człowieka (QGIS), a podczas pobierania próbek zmierzono kilka czynników opisujących chemię wody. Poziom istotności dla różnicy między indeksem Shannona w lokalizacjach miejskich i wiejskich wynosi: p=0,016 (bezkręgowce, COI) dla Oslo i p=0,043 (grzyby, LSU) dla Trondheim. W obu przypadkach większą bioróżnorodność zaobserwowano na obszarach wiejskich. Jednocześnie dla wskaźnika odmienności Jaccard mamy p<0,05, dla: bakterii i bezkręgowców w Oslo oraz grzybów w Oslo i Trondheim. Następnie wykorzystaliśmy model ANCOM do określenia taksonów oddzielających obszary miejskie i wiejskie. Wyniki te wykazały, że w Oslo, które jest bardziej zurbanizowanym miastem, różnice w bioróżnorodności między stawami miejskimi i wiejskimi są bardziej znaczące niż w Trondheim, zwłaszcza jeśli weźmiemy pod uwagę beta-różnorodność dla wszystkich badanych taksonów.
POSTER 2
Osoba: dr Katarzyna Janik-Superson (prezenterka) / Janik-Superson K, Krawczyk D, Baranowska M, Tończyk G, Lach J, Seweryn M, Królikowska K, Strapagiel D, Bącela-Spychalska K.
Tytuł posteru: Optymalizacja procedur eDNA stawów do badań bioróżnorodności prokariotów i eukariotów
Abstrakt:
Stawy są wrażliwymi na antropopresję wodami słodkimi, służącymi jako hotspoty bioróżnorodności, szczególnie na obszarach miejskich 1,2 . Jednym z nieinwazyjnych sposobów badania bioróżnorodności stawu jest metabarkoodowanie eDNA. Szczególnie sprawdza się w przypadku rzadkich gatunków endemicznych, gatunków inwazyjnych na wczesnym etapie ich zasiedlania oraz gatunków krótko żyjących. Celem tego badania była optymalizacja metody filtrowania wody i konserwacji filtrów, co pozwoli na jak najbardziej dogłębną analizę bioróżnorodności dwóch stawów (miejskiego i wiejskiego) zlokalizowanych w Polsce. Próbki wody pobrano wokół stawów z głębokości 20 cm i 80 cm, a następnie przefiltrowano przez filtry o wielkości porów 2,0, następnie 0,45 i wreszcie 0,22 μm. Filtry zostały zakonserwowane w trzech różnych środkach konserwujących: 96% etanolu, ATL i RNA-later. Porównaliśmy dane dotyczące bioróżnorodności na różnych głębokościach, porowatości filtrów i konserwantów. W tym samym czasie pobrano próbki makrozoobentosu Biblioteki NGS zostały przygotowane przy użyciu amplifikacji opartej na PCR różnych minibarkodów dla bakterii (16S rRNA), grzybów (LSU), kręgowców (16S rRNA), bezkręgowców (COI) i wszystkich eukariontów (COI) i wszystkich eukariontów (18S rRNA). Wyniki dotyczące różnorodności genetycznej i gatunkowej na różnych głębokościach i porowatościach filtrów różnią się na poziomie alfa-różnorodności w zależności od analizowanej grupy taksonomicznej. Największą bioróżnorodność wykryto na filtrach 2,0 μm, ale na każdym rozmiarze porów filtra wykryliśmy kilka unikalnych taksonów, niewykrytych na innych filtrach. Dlatego też, mając na celu badanie całkowitej bioróżnorodności, należy stosować wszystkie trzy wielkości porów filtrów (szczególnie w przypadku bakterii). Jednak w badaniach skupiających się na kręgowcach, bezkręgowcach i grzybach filtr 2,0 μm wydaje się wychwytywać znaczną większość badanych taksonów. Nie odnotowaliśmy żadnych różnic w skuteczności ochrony bioróżnorodności genetycznej między środkami konserwującymi. Nie wszystkie bezkręgowce zidentyfikowane w próbkach makrozoobentosu zostały wykryte za pomocą NGS i odwrotnie, dlatego zaleca się dodanie metabarcodingu próbek zbiorczych, jak już sugerowano.
Szczegółową broszurę zawierającą wszystkie streszczenia można znaleźć tutaj:
https://norbol.org/bioscan2022/wp-content/uploads/2022/11/NOReDNA-2022-Abstracts-compiled.pdf