Stawy są jednymi z bardziej pospolitych elementów naszego otoczenia i być może dlatego zbiorniki te bardzo rzadko podlegają regularnemu monitoringowi biologicznemu lub zarządzaniu. Równocześnie jednak stawy często zamieszkują rzadkie i chronione gatunki, co czyni te siedliska prawdziwymi enklawami bioróżnorodności. W ramach projektu ECOPOND będziemy badać bioróżnorodność stawów w sześciu regionach Europy, między południową Polską a środkową Norwegią. W każdej lokalizacji pobierzemy po pięć prób z miejskich i pozamiejskich zbiorników wodnych, położonych w niewielkiej odległości od siebie. Umożliwi nam to poznanie wpływu urbanizacji na bioróżnorodność w gradiencie szerokości geograficznej. Próbki pobierać będziemy w dwóch różnych porach roku (razem uzyskamy n=150 prób), co pozwoli nam uwzględnić sezonowość w określaniu bioróżnorodności. Przeprowadzenie badań różnorodności biologicznej zbiorników wodnych na taką skalę, metodami tradycyjnymi, uwzględniającymi m.in. morfologiczną identyfikację gatunków, wymagałoby zaangażowania wielu specjalistów i generowałoby ogromne koszty. Ponadto wielokrotna ingerencja, związana z badaniem wielu grup organizmów, mogłaby negatywnie wpłynąć na badane ekosystemy, ostatecznie czyniąc to zadanie niemożliwym do wykonania. Dlatego też w projekcie ECOPOND wykorzystamy nowoczesne metody badania bioróżnorodności, które pozwolą zebrać próby z wielu stanowisk w krótkim czasie oraz uzyskać szczegółowe dane (jakościowe i ilościowe) o wielu taksonach jednocześnie.
Metoda, którą zastosujemy w projekcie polega na odfiltrowaniu i ekstrahowaniu materiału genetycznego uzyskanego bezpośrednio z próbek środowiskowych (w tym wypadku próbek wody), bez odławiania samych organizmów. Materiał genetyczny w ten sposób pozyskany określa się często jako tzw. DNA środowiskowe (eDNA). Obecnie duże
zainteresowanie wzbudza również, rzadziej analizowane RNA środowiskowe (eRNA). W ramach ECOPOND wyekstrahujemy więc fragmenty eDNA i eRNA, powielimy przy użyciu kilku wybranych markerów, a uzyskany materiał porównamy z zasobami bibliotek sekwencji genetycznych. W ten sposób ustalimy szacunkowy skład gatunkowy stawów na podstawie próbek wody. Metoda ta nosi nazwę (z j. angielskiego) metabarcoding. Zastosujemy markery specyficzne dla kręgowców, bezkręgowców, grzybów i bakterii. Porównanie wyników metabarcodingu eDNA z eRNA pozwoli nam na wnioskowanie o obecnej i przeszłej różnorodności 
gatunkowej, ponieważ uważa się, iż eRNA uzyskuje się wyłącznie od żywych organizmów, zaś eDNA może pochodzić także od osobników martwych. Jak dotąd istnieje jedynie kilka opracowań, w których dla określenia bogactwa gatunkowego porównane zostały eDNA jak i eRNA. Tymczasem prowadzenie badań uwzględniających obie metody pozwala dodatkowo wychwycić zmiany różnorodności gatunkowej w krótkiej skali czasowej.
Inwazyjne gatunki obce (IGO) mogą mieć katastrofalny wpływ na gatunki rodzime i całe ekosystemy. Jednakże ich obecność i wpływ na dany zbiornik wodny bywają trudne do wykrycia, zwłaszcza na 
wczesnym etapie kolonizowania danego siedliska. Dlatego też kolejnym celem projektu ECOPOND jest określenie wpływu, jaki mogą mieć wybrane IGO na ekosystemy stawów. Chcemy ustalić, które czynniki biotyczne i abiotyczne są powiązane z wystąpieniem inwazyjnych gatunków obcych oraz stworzyć metody wczesnego wykrywania ewentualnego zagrożenia ekosystemu ze strony IGO. Jednym z naszych fokusowych gatunków, zaliczanych do IGO, będzie pasożytniczy grzyb Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) – zakaźny patogen, który rozprzestrzeniając się w różnych regionach Ziemi powoduje zanikanie lub nawet lokalne wymieranie płazów. Obecnie płazy występujące w Europie wydają się dotknięte przez tego pasożyta w niewielkim stopniu. Jednak podejrzewa się, że grzyb ten może być głównym czynnikiem zmniejszającym różnorodność genetyczną, lub przeżywalność zakażonych płazów, ponieważ może on redukować ilość mikroorganizmów symbiotycznych na powierzchni ich skóry. U płazów mikrobiom skóry pełni istotne funkcje immunologiczne.
W projekcie ECOPOND chcemy szczegółowo zbadać zróżnicowanie genomowe dwóch gatunków płazów: traszki zwyczajnej (Lissotriton vulgaris) i ropuchy szarej (Bufo bufo). Będziemy porównywać populacje tych gatunków między stawami zainfekowanymi i wolnymi od grzyba Bd. A także, z wykorzystaniem metody metabarcodingu,zbierzemy dane dotyczące mikroorganizmów występujących na ich skórze. 
Porównamy również różnorodność genomową tych dwóch gatunków płazów między obszarami miejskimi i pozamiejskimi. Te analizy poszerzymy o sprawdzenie różnorodności genomowej oraz zmian rozwojowych u ważki tężnicy wytwornej (Ischnura elegans) pochodzącej ze stawów miejskich i pozamiejskich, w których występują, lub nie, drapieżniki IGO. Planujemy dodatkowo zmierzyć w badanych stawach 20 parametrów jakości wody. Uwzględnionych zostanie również wiele charakterystyk środowiskowych, które będą użyte do analiz statystycznych jako cechy opisujące jakość siedliska.W ramach projektu ECOPOND uzyskamy szczegółową wiedzę na temat bioróżnorodności kręgowców, bezkręgowców, grzybów i bakterii, jak również zmienności genomowej wykrytych gatunków zasiedlających stawy miejskie i pozamiejskie, w gradiencie geograficznym. Pozwoli to na wyjaśnienie, jaką rolę przyrodniczą pełnią małe zbiorniki wodne oraz jakim przemianom ulega ich bioróżnorodność.